Momenteel is er geen vaccin of geneesmiddel voor profylaxe tegen Afrikaanse trypanosomiasis beschikbaar. Preventieve maatregelen zijn daarom gericht op het minimaliseren van contact met tse-tse vliegen.
Ten eerste moeten de aangetaste gebieden worden vermeden. De tseetseevlieg is minder actief in de heetste uren van de dag, maar kan aanvallen als geïrriteerd. Er moet aan worden herinnerd dat dit insect wordt aangetrokken door bewegende objecten en heldere of donkere kleuren; hij kan ook steken met lichte kleding. Daarom wordt aangeraden om shirts en broeken te dragen die de ledematen zoveel mogelijk bedekken; met name kleding van resistent materiaal en neutrale kleuren die opgaan in de omgeving verdienen de voorkeur. De toepassing van insectenwerende middelen op kleding kan ook nuttig zijn. Zwermen tse-tse vliegen kunnen bewegende voertuigen volgen, dus het verdient de voorkeur om de autoruiten te sluiten om te voorkomen dat ze de cabine binnenvallen.
Het gevecht tegen het vectorinsect kan worden uitgevoerd op een milieuniveau met de vernietiging van habitats voor reproductie, het gebruik van insecticiden en vallen (beter indien geïmpregneerd met permethrin) in de opvanglocaties voor tse-tse flies (savannah scrub) en vegetatie langs de waterlopen) en de behandeling van de geparasiteerde personen (bron van infectie voor de dragers).
