Net als medicijnen, ondergaan ook xenobiotica binnen het organisme biotransformatieprocessen, die erop gericht zijn ze meer oplosbaar in water te maken en hun eliminatie te vergemakkelijken.
Na de verschillende biotransformatieprocessen, uitgevoerd door talrijke enzymen (fase 1 en fase 2), en hun activatie, kunnen xenobiotica een ander lot hebben:
- uitgescheiden als zodanig (bijvoorbeeld ethylether);
- inactieve excreties;
- nog actieve excreties (zoals anthrachinonglycosiden of anthrachinonen);
- omgezet in toxische of zeer toxische verbindingen;
Enkele voorbeelden van biotransformatie zijn nu gemaakt.
Aromatische amines, na de introductie van -OH-groepen op stikstof, geven aanleiding tot carcinogene metabolieten in de lever.
PAK's met TCDD's (dioxines), PCB's en benzofuranen zijn allemaal verbindingen die bekend staan als "farmacometabolische inductoren", waardoor de farmacometabolische werking op het niveau van cytochroom P450 wordt versneld, waardoor de metabolisering van deze stoffen, die een ernstig effect hebben op gentranscriptie.
We spreken van bioactivatie wanneer het oorspronkelijke toxische agens niet voldoende affiniteit heeft met de doelwitplaats, dus wordt het omgezet in een zeer vergelijkbare metaboliet.