De pathogenese onderzoekt de ontwikkeling van een ziekte en de daaraan gerelateerde keten van gebeurtenissen, die stapsgewijs de morfofunctionele veranderingen van de cellen en weefsels van de aangetaste organen bepalen. Deze wijzigingen kunnen worden veroorzaakt door chemische, fysische of biologische agentia (virussen, bacteriën, enz.).
Terwijl de etiologie de oorzaken definieert, bestudeert de pathogenese de gevolgen ervan.
Bij het lezen van medische teksten kunnen we ze dus tegenkomen in termen zoals: microbiële pathogenese, inflammatoire pathogenese, virale pathogenese, kwaadaardige pathogenese (neiging van een ziekte, in het algemeen tumor, om geleidelijk te verergeren om potentieel dodelijk te worden). Veel ziekten herkennen verschillende oorzakelijke factoren (multifactoriële etiologie) en nog talrijker zijn deze die worden gekenmerkt door verschillende evolutionaire mechanismen (multipele pathogenese).