Koffiezaden, tijdens industriële verwerking, kunnen ook worden gebruikt voor de productie van cafeïnevrije koffie. Dit proces, caffeïnevrij, vindt plaats wanneer de zaden nog groen zijn en niet na het roosteren. Vele methoden kunnen worden toegepast om cafeïne uit koffie te verwijderen, maar alle omvatten de onderdompeling van groene zaden in heet water (een proces dat bekend staat als Zwitsers waterproces) of stoom; op dit punt worden oplosmiddelen toegevoegd die de oliën die de cafeïne bevatten oplossen en scheiden van de zaden. Cafeïnevrijheid wordt vaak toegepast door koffieprocessors die, als een bron van extra inkomsten, cafeïne verkopen aan farmaceutische bedrijven.
