Mojito is een typisch Havana drankje, hoewel de precieze plaats waar de geboorte van dit drankje plaatsvond, nog steeds onderwerp van discussie is.
Volgens de bevindingen lijkt het erop dat in Cuba, in de 16e eeuw, een drankje genaamd "El Draque" werd gemaakt nadat Francis Drake kwam. In 1586, na de marine-inval van de kolonisten in Cartagena de Indias, gingen ze op weg naar Havana. Helaas begonnen verschillende ziektes de bemanning te decimeren (vooral scheurbuik), zodat een kleine groep matrozen naar Cuba landde om de populaire medicijnen die typisch zijn voor de inboorlingen in bezit te nemen. Ze keerden terug met "aguardiente de cana" (een soort rum), limoen, munt en suikerriet sap. Op zichzelf was de limoen voldoende geweest om scheurbuik te genezen, maar wat niemand zich kon voorstellen, was dat het (zoals met munt- en suikerrietsap) ingrediënten waren die waren ontworpen om de onaangename smaak van de "wonderdrank alcoholische drank" te corrigeren ": El Draque
De werkelijke Mojito werd in plaats daarvan (waarschijnlijk) door de Cubaanse bevolking gedoopt (een paar decennia later), op basis van het zelfstandig naamwoord "Mojo", een typische op kalk gebaseerde kruiderij. Een andere theorie is dat het afkomstig is van "mojadito", wat "een beetje nat" betekent, of eenvoudigweg van "mojado" of "nat".
