De pH van de feces is normaal neutraal of licht alkalisch (6.8 - 7.5). Meer zure ontlasting, fysiologisch alleen bij de pasgeborene, kan duiden op darminfecties (Escherichia coli, Rotavirus) of spijsverteringsstoornissen, zoals lactose of vetintolerantie (steatorrhea van pancreasinsufficiëntie of galstasis).
Als de pH van de feces de neiging heeft te stijgen in de aanwezigheid van verrotte dysbiose, neigt deze te dalen in de aanwezigheid van fermentatieve dysbiose, waarvan de oorzaken van oorsprong te vinden zijn in de overmatige inname van koolhydraten of een slechte absorptie van hetzelfde (coeliakie) . Zelfs in aanwezigheid van overvloedige lipideninname, in vegetarische diëten en langdurig vasten, wordt de pH van de feces zuur.
Om verstoring van de resultaten van het onderzoek te voorkomen, mogen de feces niet met urine worden verontreinigd en moeten ze snel worden gekoeld om te voorkomen dat urinaire ammoniak en rottingsactieve bacteriën de fecale pH basisch maken.