Naast individuele beschermingsmaatregelen en milieubesturing door vervoerder, kan Japanse encefalitis worden voorkomen door vaccinatie.
Het Ixiaro-vaccin, al goedgekeurd door de FDA (Food and Drug Administration) in de VS en geautoriseerd door het EMEA (Europees Geneesmiddelenbureau), wordt intramusculair toegediend in de regio deltoid (bovenarm), in 2 doses, de tweede van die 4 weken na de eerste wordt geïnoculeerd. Voor een goede actieve immunisatie moet de vaccinatiekuur ten minste één week voor het mogelijke contact met het Japanse encefalitisvirus voltooid zijn.
Het Japanse encefalitisvaccin wordt aanbevolen voor reizigers die lange tijd buiten in endemische gebieden buiten blijven, gedurende het seizoen waarin de overdracht van de infectie het meest waarschijnlijk is; het is echter niet geïndiceerd voor personen jonger dan 18 jaar, tijdens zwangerschap en tijdens het geven van borstvoeding.
