In de officiële farmacopee zijn er algemene evaluatiemethoden, zowel chemisch als biologisch. Farmacognosie maakt echter ook gebruik van veel meer geavanceerde methoden, zoals spectroscopische en chromatografische methoden.
De beoordeling van de kwaliteit van de geneesmiddelen vanuit chemisch oogpunt biedt een duidelijke diepgaande analyse, specifiek voor de analytische capaciteit van de gebruikte instrumenten; met andere woorden, een geneesmiddel wordt geëvalueerd op basis van de kwantiteit en kwaliteit van de actieve bestanddelen die het bevat, die op een analytisch precieze manier bepalend zijn dankzij uiterst nauwkeurige chromatografische instrumenten. Onder deze chromatografische technieken vinden we: gaschromatografie, massagas, HPLC (vloeistofchromatografie op kolom), ionenuitwisselingschromatografie en plaatchromatografie (TLC, HPTLC). Dit zijn allemaal methodologieën die het chromatografische principe gebruiken bij de kwalitatieve-kwantitatieve evaluatie van de chemische stoffen die aanwezig zijn in een fytocomplex. Daarom stellen deze instrumenten ons in staat om het medicijn te evalueren als een fytocomplex, de kwantiteit en kwaliteit van de individuele chemische klassen, hun verhouding en de hoeveelheid van het kenmerkende actieve bestanddeel.
Om het fytocomplex te evalueren, is het belangrijk om de meest geschikte strategieën voor de extractie ervan te gebruiken, omdat er geen analysemethode is die niet is voorafgegaan door een extractie. De extracties zijn nodig voor de technische farmacognostatie om het medicijn te evalueren of, mogelijk, om elementen voor het gebruik van dit medicijn te verkrijgen, die direct in de tertiaire sector kunnen worden geplaatst. Extractiemethoden maken het mogelijk om die categorieën van actieve principes te verkrijgen die belangrijk worden geacht in de kwalitatieve classificatie van het medicijn, of om selectief een of meer categorieën te extraheren die als een uitdrukking van zijn activiteit worden beschouwd.
De actieve bestanddelen zijn in het algemeen moleculen van glycosiden, alkaloïden, terpenen, anthrachinonen; alle secundaire metabolieten die uitdrukking zijn van de relationele biologie van het organisme; er zijn echter ook moleculen die afgeleid zijn van het primaire metabolisme van gezondheidsbelang, zoals koolhydraten (zetmeel en zijn derivaten, cellulose en zijn derivaten), eiwitten en in het bijzonder proteolytische enzymen (papaïne of bromelaïne).
Alvorens verder te gaan met een extractie van actieve bestanddelen uit een medicijn, is het noodzakelijk om de chemisch-fysische karakterisering van de laatste te beschouwen; met andere woorden, voordat een actief bestanddeel wordt geëxtraheerd, is het noodzakelijk om de chemische aard ervan in termen van polariteit goed te kennen, omdat het extractieproces in wezen wordt gereduceerd tot de associatie van een geschikt oplosmiddel met het geneesmiddel. Dit oplosmiddel, dat chemisch verwant is aan het te extraheren principe, verwijdert het selectief uit het overblijvende fytocomplex; hoe meer deze chemische affiniteit wordt geaccentueerd, des te beter zal de extractie plaatsvinden ("dergelijke lost soortgelijke op"). Het is daarom essentieel om vanuit fytochemisch oogpunt het te extraheren principe te kennen, om het oplosmiddel of het oplosmiddelmengsel er meer op te laten lijken.
